曼哈頓圖簡介

曼哈頓圖是一種常用於基因組關聯研究（GWAS）結果可視化的方法。它將每個單核苷酸多態性（SNP）的 p 值在基因組中的位置進行展示，幫助研究人員快速識別與性狀或疾病顯著相關的基因變異。

常用的曼哈頓圖套件

1. qqman

   • 描述：這是一個在 R 語言中開發的套件，提供了曼哈頓圖、Q-Q 圖和熱圖等圖表，同時支持基因注釋和功能注釋等功能。

2. qmplot

   • 描述：這是一個在 Python 語言中開發的套件，提供了曼哈頓圖、Q-Q 圖，同時支持基因注釋和功能注釋等功能。

3. PLINK

   • 描述：這是一個開源軟件，支持線性迴歸分析、對照比分析和生存分析等，並提供了曼哈頓圖的繪製功能。

4. Haploview

   • 描述：這是一個用於基因型分析的軟件，同時也支持曼哈頓圖和 LD 圖等圖表，用於 GWAS 分析和遺傳分析。

5. LocusZoom

   • 描述：這是一個在線曼哈頓圖套件，可以用於對 GWAS 結果進行快速瀏覽和注釋，同時還支持基因注釋和 LD 計算等功能。

曼哈頓圖的特點

這些曼哈頓圖套件通常都提供了豐富的可定制化選項，例如顏色、標籤、字體等，可以讓用戶更好地呈現 GWAS 結果。需要注意的是，曼哈頓圖僅能用於快速展示 GWAS 結果，而不能進行詳細的統計分析和功能注釋。因此，在進行曼哈頓圖可視化時，還需進一步進行功能和統計分析。

圖 1：典型的曼哈頓圖展示